Menurut perkembangan operasional, Balai Pengobatan PKU Muhammadiyah Mayong dibagi menjadi 6 periode serta menggunakan ijin operasional yang terbit dari Pemda Jepara yaitu PKU Muhammadiyah Cabang Pecangaan di Mayong sampai pada tahun 1985.

Periode I yaitu tahun 1969 – 1975 merupakan lankah awal pengenalan Balai Pengobatan PKU kepada masyarakat. Pada tahun-tahun tersebut keadaan Muhammadiyah di Mayong belum memiliki banyak anggota/simpatisan. Masyarakat belum begitu mengenal akan keberadaan BP PKU di daerah Mayong.

Periode II yaitu tahun 1975 – 1985, diasuh oleh Alm H. Abdul Madjid dengan sabar dan mempunyai semangat yang tinggi kemudian dapat mengantarkan PKU Muhammadiyah Mayong lebih dikenal oleh masyarakat (periode kejayaan tahap I).

Periode III yaitu tahun 1985 – 1989 merupakan keadaan yang sangat memprihatinkan/terbengkelai karena pelaksana Harian yaitu Bp.H.Abdul Madjid meninggal dunia, sehingga operasional Balai Pengobatan PKU tidak bisa lancar sehingga pasien yang sudah mapan menjadi bubar sampai akhirnya berhenti total.

Periode IV yaitu tahun 1991 – 2005, pada tahun 1991 bulan September beberapa tokoh Muhammadiyah Cabang Mayong dengan ketua PCM H Noor Khamid dan Ketua MPKU Drs HR Syumi Harsono bertekad menghidupkan kembali Balai Pengobatan PKU, sehingga bulan oktober 1991 Balai Pengobatan Umum PKU Muhammadiyah Cabang Mayong Beroperasional kembali dengan modal donator (tutukan) dan bertempat di rumah Bp. Ali Masruri dengan menggunakan perijinan masih yang lama.

Pada tahun 1992 pengurus bertekad dan bersemangat memperbaiki perijinan dan mendirikan gedung yang permanen, sehingga pada bulan Juli 1992 terlaksana dengan baik dan diresmikan oleh Bp. Bupati KDH Tingkat II Jepara ( H.Bambang Poerwadi ) dan dilanjutkan pengajian umum oleh Bp. Drs.H. Soenardi Sahuri dari Yogyakarta.

Periode V yaitu tahun 2005 – 2010 (Direktur dr. H. Zakariya) dengan ketua PCM H. Noorchamid dan Ketua MPKU Bp HM Yusuf, SP adalah periode peralihan, karena pada periode ini terdapat beberapa perubahan antara lain:

Persiapan status dari balai pengobatan menjadi Rumah Sakit
Pembangunan gedung bagian keperawatan, kamar operasi, ruang bersalin, poli spesialis dan penambahan ruang Rawat Inap Gedung AR. Fahrudin.

Penambahan fasilitas antara lain USG, RO, Nebulizer, Blu Light, Vaccum, kuret, perlengkapan operasi dan lain-lain.
Pengembangan/ rehab gedung UGD dan pagar Rumah Sakit.
Mendapat bantuan ambulance elf dari menteri kesehatan.